เดิมพื้นที่บริเวณศูนย์ฝึกอบรมที่ 3 (ชะอำ) เป็นที่ดินรกร้างว่างเปล่า มีเนื้อที่ประมาณ 622.2 ไร่ สภาพพื้นดินเป็น ดินทรายล้วน ในปี พ.ศ. 2482 กรมป่าไม้ได้ให้กองบำรุง (เดิม) ได้เข้ามาดำเนินการปลูกสร้างสวนป่าสนประดิพัทธ์และได้โอนพื้นที่ดังกล่าวให้ อยู่ในความดูแลรับผิดชอบของสำนักงานป่าไม้เขตเพชรบุรี (ในปัจจุบันคือสำนักบริหารพื้นที่อนุรักษ์ที่ 3 สาขาเพชรบุรี) โดยมอบให้ฝ่ายพฤกษศาสตร์ป่าไม้เป็นผู้ดูแลตามลำดับ ซึ่งต่อมาได้เปลี่ยน ชื่อเป็น “สวนรุกขชาติชะอำ” จนเมื่อวันที่ 5 มกราคม 2538 กองฝึกอบรมได้เข้ามาดำเนินการจัด ตั้งเป็น “ศูนย์ฝึกอบรมการป่าไม้ชะอำ” มีหน้าที่ดูแลรับผิดชอบพื้นที่บริเวณดังกล่าวทั้งหมดโดยมีวัตถุประสงค์เพื่อสนองนโยบายด้านการพัฒนาบุคลากรของกรมป่าไม้ที่ต้องการกระจายศูนย์ฝึกอบรมด้านการป่าไม้ไปยังภูมิภาคต่าง ๆ อย่างทั่วถึงจนกระทั่งคณะรัฐมนตรีได้มีมติเมื่อวันที่ 15 สิงหาคม 2543 กำหนด ให้พื้นที่บริเวณนี้เป็นพื้นที่ป่าไม้ถาวร ซึ่งต่อมา กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช ได้ประกาศเป็นเขตห้ามล่าสัตว์ป่าตาม พระราชบัญญัติสงวนและคุ้มครองสัตว์ป่า พ.ศ.2535 เมื่อวันที่ 11 เมษายน 2546 ปัจจุบันศูนย์ฝึกอบรมการป่าไม้ชะอำ ได้เปลี่ยนชื่อเป็น “ศูนย์ฝึกอบรมที่ 3 (ชะอำ)”ตามโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการ โดยสังกัดส่วนฝึกอบรม สำนักบริหารงานกลาง กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม